A mistura do coração humano com a capacidade destrutiva de um Gauna - essa é a quimera Tsumugi Shiraui, que foi o fator decisivo para que Sidonia pudesse vencer a guerra contra Ocarina, a nave Mass Union Pequena. E agora, finalmente, o alvo da humanidade é a Mass Union Grande! Para fazer frente e sobrepujar essa ameaça colossal, Sidonia investe no desenvolvimento de um Guardião com potencial equiparável à quimera Tsumugi: o sucessor legítimo do lendário Tsugumori!